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Os projetos de pesquisa são a principal atividade dentro da ATLANTIS, pois são na verdade o fim a que a entidade se destina: apoiar e financiar projetos de ciência. Alguns projetos de pesquisa são submetidos a orgãos de fomento, como CNPq ou IFS (International Foundation for Science), sendo portanto financiados com verbas externas, mas recebendo o apoio da Atlantis em termos de logistica e administração, e verbas complementares sempre que possível. Alguns projetos são financiados com verbas próprias, as quais são arrecadadas através de consultorias científicas e serviços prestados pelo grupo de cientistas associados, ou através de doações.
Os projetos de pesquisa financiados com verbas próprias são aprovados e julgados pelo Comitê de Projetos da Atlantis e devem portanto ser coordenados por um pesquisador associado ou colaborador e obedecem os prazos e normas estabelecidos pelo comitê de projetos. Os projetos submetidos a orgãos de fomentos seguem, naturalmente os prazos e normas estabelecidos por esses orgãos, mas tambem são coordenados por pesquisadores da Atlantis.
Alguns projetos não são financiados nem com verbas próprias nem com verbas de orgãos de fomento, mas sim com verbas de Empresas Privadas que apoiam o meio Ambiente, como Petrobrás, Shell, Boticário, dentre outras.
Dentre os projetos de pesquisa em andamento, ou já encerrados, destacam-se:
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